Cawangan Pangkalan Udara dan Maritim sebelum ini dikenali sebagai Cawangan Rekabentuk dan Penyelidikan. Ianya terdiri dari dua unit utama iaitu Unit Binaan dan Unit Makmal. Unit Binaan menjalankan kerja-kerja rekabentuk struktur bangunan dan jambatan manakala Unit Makmal menjalankan kerja-kerja penyiasatan tanah dan tapak, ujian ke atas bahan-bahan binaan dan mengesyorkan jenis asas bagi sesebuah bangunan (foundation design).

 

Cawangan Rekabentuk dan Penyelidikan juga merupakan ‘training ground’ bagi jurutera-jurutera awam yang mula berkhidmat di Jabatan Kerja Raya. Pada lazimnya setiap jurutera awam yang baru melaporkan diri di Jabatan Kerja Raya akan ditempatkan di Cawangan ini sekurang-kurangnya tiga bulan sebelum mereka dihantar ke bahagian-bahagian lain untuk perkhidmatan seterusnya.

 

Sebuah Pasukan Pengurusan Projek JKR telah ditubuhkan apabila pihak Kerajaan membuat keputusan untuk memindahkan operasi penerbangan antarabangsa dari Lapangan Terbang Sungai Besi di Sepang ke sebuah lapangan terbang baharu di Subang. Namun begitu, apabila projek tersebut siap pada 30 Ogos 1965, Pasukan Pengurusan Projek JKR tersebut telah dipindahkan menjadi Unit Lapangan Terbang di Cawangan Rekabentuk dan Penyelidikan.

 

Unit Makmal pula mula ditubuhkan semasa pelaksanaan Projek Lapangan Terbang Pulau Pinang dalam tahun 1952. Apabila projek tersebut siap dalam tahun 1967, Unit Makmal telah dipindahkan ke Cawangan Rekabentuk dan Penyelidikan.

 

Begitu juga apabila Projek Pelabuhan Kuantan siap dalam tahun 1979, Pasukan Pengurusan Projek JKR di sana telah dipindahkan ke Cawangan Rekabentuk dan Penyelidikan menjadi Unit Pelabuhan (yang kemudiannya ditukar nama kepada Unit Maritim).

 

Di antara unit yang berada di dalam cawangan ketika itu ialah Unit Perpustakaan dan Unit Komputer yang diketuai oleh Ir. Cheng Meng. Disebabkan cawangan ini membuat rekabentuk dan lukisan secara ‘in house’, cawangan ini mempunyai unit cetak dan memproses pelannya sendiri.

 

Unit Lapangan Terbang, Unit Perpustakaan dan Unit Cetak pada mulanya telah ditempatkan di Tingkat 4, Blok E manakala Unit Pelabuhan dan Unit Komputer telah ditempatkan di Blok D. Manakala, Unit Makmal pula ditempatkan di Blok E Lama. Pada akhir 1979, bangunan baharu Komplek Kerja Raya telah siap dan cawangan ini telah berpindah ke Tingkat 8, Blok F. Unit Binaan pula kekal berada di Bangunan Wisma PKNS, Jalan Raja Laut.

 

Di dalam tahun 1980-an pula Jabatan Ukur dan Pemetaan telah bersetuju untuk menempatkan pegawai-pegawai mereka secara pinjaman (jawatan kader) di Cawangan Rekabentuk dan Penyelidikan untuk mewujudkan Unit Ukur Tanah dan unit ini telah ditempatkan di Blok E.

 

Dalam tahun 1987, Unit Makmal telah diwujudkan di Prai, Kota Bharu, Kuantan dan Senai bagi meningkatkan lagi keberkesanan perkhidmatan yang disediakan oleh Cawangan ini.
Walau bagaimanapun. pada tahun 1988 Unit Makmal telah dikeluarkan dari Cawangan ini dan digabungkan dengan Pusat Latihan JKR untuk dijadikan Institut Latihan JKR. Institut ini seterusnya telah ditukar nama menjadi Institut Kerja Raya Malaysia (IKRAM) sebelum ianya diswastakan pada tahun 1996 sebagai Kumpulan IKRAM Sdn. Bhd.

 

Sejak Unit Makmal dikeluarkan dari Cawangan, nama Cawangan ini juga telah ditukarkan kepada Cawangan Struktur dan Kejuruteraan Pakar. Ianya terdiri dari Unit-Unit utama seperti Unit Struktur, Unit Ukur Bahan, Unit Ukur Tanah, Unit Lapangan Terbang dan Unit Pelabuhan. Unit Ukur Tanah juga telah menubuhkan 4 zon utama iaitu  Zon Selatan di Senai, Zon Tengah di  Kuala Lumpur, Zon Timur di Kuantan dan Kota Bharu manakala Zon Utara di Seberang Perai.

 

Pada tahun 1989, Unit Pelabuhan telah berpindah ke Blok E Lama dan bangunan disebelahnya telah dijadikan setor penyimpanan bahan-bahan cawangan. Walau bagaimanapun, bangunan tersebut terbakar pada tahun 1991. Berikutan masalah tersebut, Unit Pelabuhan berpindah pula ke bangunan Komplek Kementerian Kerja Raya yang baharu siap dan  Unit ini ditempatkan di Tingkat 5 sayap kanan Blok B. Apabila Penstrukturan Jabatan Kerja Raya dan Kementerian Kerja Raya dilakukan, Unit Pelabuhan berpindah semula ke Bangunan Tingkat 7, Blok F.

 

Sejak pemakaian sistem matrik oleh Jabatan Kerja Raya dalam tahun 2007, Cawangan Struktur dan Kejuruteraan Pakar telah ditukar nama sekali lagi kepada Cawangan Pangkalan Udara dan Maritim. Unit Binaan (sekarang dikenali sebagai Unit Struktur) telah dipindahkan ke Cawangan lain di dalam organisasi JKR. Unit-Unit baharu seperti Unit Penyelarasan dan Khidmat Sokongan, Unit Arkitek, Unit Elektrik, Unit Mekanikal dan Unit Pengurusan Projek telah diwujudkan di dalam Cawangan ini. Unit Hidrolik adalah unit yang paling singkat ditubuhkan dimana ia hanya dapat bertahan selama 2 tahun iaitu dari tahun 2005 hingga 2006 dan diketuai oleh Dr. Dzullkifli.

 

Sejak tahun 2008, semua unit di Cawangan ini telah ditukarkan kepada Bahagian. Bahagian- bahagian yang terdapat di Cawangan Pangkalan Udara dan Maritim ialah Bahagian Penyelarasan dan Khidmat Sokongan, Bahagian Maritim, Bahagian Lapangan Terbang, Bahagian Ukur Tanah, Bahagian Kontrak dan Ukur Bahan, Bahagian Arkitek, Bahagian Elektrik, Bahagian Mekanikal dan Bahagian Pengurusan Projek.